Disons que le PHP est un langage dynamique, qui permet d'exploiter diverses fonctions, des bases de données, et plein de trucs. La mise en page, l'affichage des images, des textes, des couleurs, etc..., c'est uniquement le HTML qui le gère. (bon et le CSS mais là c'est plus poussé). Regarde la source de la page : tu n'auras que du HTML, parce que ton navigateur ne sait afficher que ça ! Le PHP est interprété directement sur le serveur, puis si PHP nécessite l'affichage de quelque chose, eh bien c'est transformé en HTML et renvoyé vers le navigateur du client.
Grosso modo c'est comme ça :
navigateur > serveur WEB > PHP > MySQL > PHP > Serveur WEB > navigateur